El Corredor Trinacional alberga una extraordinaria diversidad cultural representada por pueblos indígenas con ocupación ancestral del territorio amazónico. Entre ellos se encuentran los pueblos Siona, Secoya, Cofán, Kichwa, Shuar, Murui-Muinane, Coreguaje y Huitoto (Ageveco Urüe), distribuidos entre Colombia, Ecuador y Perú.
Estas comunidades mantienen una profunda relación con los bosques, ríos y humedales del Corredor, conservando conocimientos tradicionales y prácticas culturales vinculadas al manejo sostenible de los recursos naturales, la pesca, la caza, el uso de plantas y la protección de sitios de importancia cultural. Asimismo, sus procesos organizativos y modelos de gobernanza fortalecen el reconocimiento de derechos colectivos y la gestión participativa del territorio.
Los pueblos indígenas cumplen un rol fundamental para la conservación del Corredor y de la Amazonía a nivel global, debido a que sus saberes ancestrales contribuyen al mantenimiento de ecosistemas, especies y sistemas hídricos estratégicos para el equilibrio climático y la biodiversidad.
Su manejo tradicional del bosque y de los recursos hidrobiológicos ha permitido sostener prácticas de aprovechamiento sostenible que fortalecen la seguridad alimentaria y la conservación. Sin embargo, estas comunidades enfrentan crecientes amenazas asociadas a la deforestación, minería ilegal, cultivos ilícitos, expansión de actividades extractivas y proyectos de infraestructura no planificados, que ponen en riesgo tanto los ecosistemas amazónicos como su patrimonio cultural y territorial.